一、现行个体税收征管存在的问题
1、税收征管基础薄弱，税源监控水平较低。一是应税个体工商户家底很难弄清，纳税户数难于掌握。尽管工商部门和税务部门管理的出发点不尽相同，标准不尽一致，但一定范围内工商登记户数常常大于税务登记户数。二是生产经营规模难于掌握，“双定”定额的真实性差。因缺乏有效的税收监控手段和办法，“双定”难度越来越大，“双定”定额相对于经济发展呈现出总体下降趋势。
2、税收征管难度大，征收成本高，征管效益差。个体税收因个体工商户的规模庞大、税源零星分散、交易频繁、流动性强、开业停业变化快、不建立帐务或帐务不健全（含不公开真实帐务）、不懂法律，或善于利用法律、税收法制不健全千方百计偷、逃税款等特点，税收征管难度极大，相对于企业税收而言，耗费的人力、财力、物力多，单位税收收入耗费的税收征收成本高，征管效益差。
3、征管力量薄弱，税收流失严重。一方面，国税、地税分设，行政管理人员增加，有限的税收征管力量更加分散化，征管力量薄弱的矛盾更加突出，税收征管的力度（及时性、有效性）更加弱化，无法形成征管优势，税收流失更加严重。另一方面，受部门利益驱使，在个体税收本身流失严重的情况下，国税、地税工作不协调对个体税收流失起到了推波助澜的作用。在征管力量薄弱的情况下，基本上放弃了部分个体税收征管，特别是集贸市场税收中的临时经营户的税收征管。
4、税收政策性强，实践中具体操作难度大。理论上，征与不征、征多与征少都体现了党和国家的经济社会政策，事关一定时期的社会经济发展目标的实现。但在实际的个体税收征管工作中，对税收优惠政策的执行操作难度较大。一是税收优惠往往具备一定的条件限制，“应税”与“非税”临界点在实际工作中难于明显划分，优惠对象把握困难。二是随着个体工商户经营范围、经营规模的不断变化，税收优惠对象变更频繁，税务部门难于应对。三税收优惠的执行，增加了对非税收优惠对象依法征收的难度。
5、发票使用、管理水平低，税控设备开发、应用水平差，税收征管还未建立起有效的制衡机制。除增值税专用发票外，税务部门对现行普通发票的运用、管理水平较低，发票使用还没有涵盖所有的社会经济领域及社会经济领域的各个环节，假发票泛滥成灾，行政事业费收据不断侵蚀发票应用领域，对填开发票的比对力度不够，“以票管税”的制衡机制尚未建立。因设备成本高、技术水平低、推广使用缺乏良性制约机制等原因，拒绝安装、安装与使用相分离（税务机关没使用税控设备数据）、纳税人人为调控税控设备数据，制约了税控设备的功能，有效的税收征管制衡机制的建立任重道远。
6、税收征管力度难以到位，“费挤税”现象严重。一是由于税务部门对个体经济发展的形势估计不足，轻视了对个体税收的征管，为“费大于税”的国民收入分配格局创造了机会。二是从全国来看，个体税收的征管力度总体上是受税收收入任务、税收征管效益调控的，征管力度难以到位，“费大于税”的状况没能得到改善。在个体工商户的经营支出中，经营场所租赁费支出普遍大于缴纳税收数额在1——10以上。相当部分地方，个体工商户就是缴纳的工商管理费、特殊行业经营许可费等，都大于所缴纳的税收数额。
7、以“组织收入为中心”，企业与个体之间、地区间个体工商户税负呈现“畸轻畸重”。长期以来，税收工作始终坚持的是“以组织收入为中心”的指导思想，个体税收在实践中一直被作为国家总体税收的补充。一个地区个体税收征管的力度主要由该地区税收收入任务的大小和税源的多寡所左右。各级税务部门采取“抓大（企业税收）放小（个体）税收”的组织收入策略，个体税收征管得不到应有的强化和改观，个体税收征管的质量得不到提高，个体税收流失严重。由此造成现实经济生活中“企业（涉税犯罪企业除外）税收负担大于个体税收负担、落后地区个体税收负担高于发达地区个体税收负担”的不正常现象，不同地区、不同性质的经济主体长期在不公平的市场环境中竞争，税收调节收入、调节分配的职能被严重削弱。
8、重实体、轻程序，个体税收征管水平的提高受到制约。受税收收入规模相对较小、征管难度较大和征收成本相对较高的影响，并基于如下两点考虑，各地基层税收征收机关及其征收人员对个体税收的征管没有完全按《征管法》规定的程序进行，不讲究过程（即“程序”），只讲究结果（即税款的实际征收）。由此造成个体税收征管资料建设和税款征收与个体工商户的实际生产经营相分离，且相当比例的征管资料是从征收税款的逆向形成；征管资料的建立不是为税收征管服务，而是为应付上级检查服务。
9、税收工作的社会参与性不强，综合征管效果不佳。由于税收法制建设的滞后，“依法诚信纳税”缺乏激励制约机制，涉税相关职能部门在税收征管活动中应负的职责缺乏“刚性”的约束。由此造成，税务机关在税收征管工作中主要靠部门的孤军奋战，难于形成社会综合征管合力。
10、《征管法》的可操作性不强，对税务违章打击不力，个体税收纳税秩序整顿乏力。由于资产评估、资产拍卖等社会中介组织在各地发展不平衡，《征管法》中规定的税收保全、税收强制执行等措施在实际运用中大打折扣。一方面，受税收成本和效益的影响，税务机关极不愿意使用税收保全、税收强制执行措施对税务违章、违法行为进行惩罚。另一方面，因受相关部门配合的制约，对严重税务违章、违法行为往往不能依法从快、从重地给予有效打击。由此造成个体税收秩序长期得不到根本改善。
11、个体税收征管发展目标不明确，税收征管措施散、乱，个体税收征管水平难以提高。由于重视不够，各级税务部门对个体税收缺乏综合性、系统性、长远性规划，征管发展目标不明确，不是采取“依法征税，应收尽收”的征管手段，而是采取“能收多少，就收多少”短期税收征管行为。一是税收宣传、征收、管理、稽查相分离，相互之间缺乏有机联系。二是面对不同类别、不同特点的个体工商业户，征管手段和办法简单、单一，缺乏力度。三是纳税秩序整顿、规范不衔接，个体税收征管陷入“混乱—整顿—再混乱—再整顿”的恶性循环怪圈。
12、税收考核体系科学性、实用性不强，个体税收征管质量难以提高。
二、现行个体税收征管存在问题的原因分析
1、对个体经济的发展估计不足，对个体税收的重视不够。脱胎于传统计划经济的思想意识，各级税务部门对个体经济地位的认识长期停留在“居于社会主义经济的补充地位”之上，受“以组织收入为中心”指导思想的影响和各种经济成份税收征管投入与产出比的比较，各级税务部门对个体税收的认识没得到应有的重视，在人、财、物的分配上基本上一直是向企业税收征管倾斜。
2、税收法制建设滞后，部门协调配合差。受落后的税收观念的长期影响，社会对依法加强个体税收征管与大力发展个体经济的认识一直存在偏颇，相对于国外完善的市场经济体制而言，我国税收法制建设严重滞后。其一，现行社会法制体系尚未构建起依法诚信纳税的激励机制，个体工商业户缺乏依法纳税积极性。其二、税收征管征管手段缺乏有效、完备的法律支持，依法加强对个体税收征管以营造公平的税收发展环境对于税务部门是苍白无力的。其三，涉税相关部门在税收征管活动中应尽的有限义务没有硬性的约束机制，对税收征管工作的支持也是极其有限的。
3、税收征管缺乏创新性，税收征管办法滞后。一方面，受税收法制建设滞后的影响，个体税收征管中存在的问题长期得不到及时有效解决，加之个体经济发展迅猛，以至个体税收征管中存在的问题越累越多。二是由于各级税务部门对个体税收重视力度不够，对个体税税收征管发展目标缺乏长远的科学规划，加之对个体经济发展的规律缺乏系统性、前瞻性的研究，在如何与时俱进推进个体税收征管方面缺乏有效的探索，落后的、粗放式的个体税收征管办法早已不能适应个体税收征管的需要。
