首先，合理划分减免税类型。
《办法》首次明确把减免税的类型划分为备案和报批两种类型。由于我国各税种中都有数量不等的减免税规定，不同税种的减免税管理办法也不同。随着国家行政许可审批制度的改革，取消了不少涉税审批项目，国家税务总局相应制订了一大批后续管理办法。因此在减免税方面，就存在需要审批和不需要审批的两种减免税，需要审批的减免税必须规范程序和权限；不需要审批的减免税也需要明确、统一管理办法。
报批类减免税是指应由税务机关审批的减免税项目，纳税人根据相应的税法和税收政策规定向税务机关提出申请，税务机关按照规范的程序和权限审核后确认批准的减免税，即通常意义上需要个案审批的减免税，对整个企业的减免或某一经营项目的减免应认定为报批类；
备案类的减免税是指法律、行政法规明确规定的减免税，纳税人只要达到相应条件，就可以享受相应的减免税待遇。备案类减免税是指取消审批手续的减免税项目和不需税务机关审批的减免税项目。对企业某项收入的减免或规定取消审批的应认定为备案类如：如中外合资高新技术企业定期减免所得税审批，外国企业和外籍个人向中国境内转让技术取得收入免征营业税审批、经国务院批准的高新技术产业开发区内的高新技术企业减免税、企业税前弥补亏损核准、外籍纳税人固定在一地申报缴纳个人所得税审批、纳税人成本计算方法，间接成本分配方法存货计价方法改变审批、企业技术开发费加计扣除的审批、经国务院批准的高新技术产业开发区内的高新技术企业减免税审核、软件企业认定和年审、工效挂钩企业计税工资核准、，集成电路设计企业和产品认定、对纳税人计税工资扣除标准限额调整的审批、对纳税人上缴的各类基金税前扣除的审核、对纳税人按规定支出的业务招待费税前扣除的标准、对社会力量向科研机构和高等学校资助研究开发费税前扣除的审核、对内资企业调整固定资产残值比例的备案、属于备案类的减免税，这类减免税具有普遍性，减免税的条件由法律、行政法规作出了清晰界定，符合条件的纳税人数量众多。这类减免税取消审批后，既减轻了税务机关的工作负荷，提高了工作效率，也减轻了纳税人的负担。具体哪些减免税属于备案类，哪些属于报批类，下一步将作进一步明确和规范。
其次，规范了审批手续，简化了程序。
划分备案和报批两种减免税的主要目的，就是根据不同的类型制订不同的管理方法，以提高工作效率，方便纳税人。主要变化有：备案类减免税不再需要纳税人向税务机关提出申请，不再需要层层审批，只需要纳税人向主管税务机关申报有关资料备案即可。此举可大大减轻纳税人和税务机关的工作量，提高了效率。问题将发生在备案类减免税项目上。因为备案类减免税仅需要提出备案，经税务机关登记备案后，自登记备案之日起就可以享受税收优惠。规定看上去很简单，但其实隐含的风险很大。对于备案类减免税，备案时税务机关仅需要按备案程序受理即可，并不意味着税务机关认为纳税人实质上符合减免税的条件。在这种情况下，纳税人虽然事先享受了减免税，但是否确实完全符合减免税的条件，需要经受住税务机关事后的检查、调查，经过较长期限后才能确定到底是否没事。因此，纳税人更应该重视备案类减免税的办理，最好请专业机构认真细致地依据减免税的条件，包括实质条件和形式要件，对本企业的情况进行审查，确信完全符合减免税条件后再进行备案，以免遭受缴纳滞纳金甚至罚款的损失。对于报批类减免税，过去需要纳税人首先向主管税务机关提出申请，然后层层审批，新的规定是纳税人可以直接向有权审批的税务机关申请，减少了中间环节。
第三，纳税人合法权益得到切实保障。
过去，纳税人同时从事减免税项目与非减免税项目的，如果不能分别核算或核算不清，不得享受减免税优惠政策。此次《办法》调整为：纳税人同时从事减免税项目与非减免税项目的，应分别核算，独立计算减免项目的计税依据以及减免税额度。不能分别核算的，不能享受减免税；核算不清的，由税务机关按合理方法核定。新规定考虑到复杂的经济生活现实，比如有些企业因为客观原因，很难对免税项目与非减免税项目耗用的水、电和人力进行清晰核算，对这种情况如果一律不予减免税很难让纳税人接受，新规定无疑对纳税人是有利的。其次，《办法》规定，纳税人依法可以享受减免税待遇但未享受而多缴税款的，凡属于无明确规定需经税务机关审批或没有规定申请期限的，纳税人可以在《税收征管法》第五十一条规定的期限内申请减免税，即纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可要求退还多缴的税款。此条规定给一些不太了解税法，没有享受依法应获得减免税待遇的纳税人一条补救的出路。另外，《办法》还规定，减免税期限超过1个纳税年度的，进行一次性审批。因此，无论减免税期限是3年还是5年，纳税人都仅需要报批一次，可以大大减轻工作量。这些变化不仅保障了国家税收的利益，同时又注重对纳税人合法权益的保护，体现了执法和服务的统一。
第四，规范了减免税的监督管理。
减免税划分为两种类型后，如何监督管理是税务机关面临的巨大挑战。《办法》规定，税务机关应结合纳税检查、执法检查或其他专项检查，每年定期对纳税人减免税事项进行清理、清查，加强监督检查。这项规定实际上改变了过去困扰纳税人的减免税年审制度。过去，纳税人经批准享受减免税后，税务机关每年要按规定程序对企业进行年审，纳税人免不了要提供大量的资料，税务人员有时甚至还要到企业实地进行检查，如果纳税人不能通过年审，就不能享受减免税。《办法》将过去实行的对减免税年审制度取消，调整为与纳税检查、执法检查或者其他专项检查相结合，减轻了纳税人每年应付年审的负担，同时又加强了对减免税的监督。强化监督管理的另一个方面是明确规定了税务机关审批减免税、接受减免税备案的时限，可以有效提高效率。
第五，减免税的基本原则及要求。
基本原则：各级税务机关应遵循依法、公开、公正、高效、便利的原则，规范减免税管理。管理要求：1、必须以国家税收法律、法规和其他有关规定为依据。2、政策性强、数额较大、涉及较广的减免税，坚持集体审批制度。3、审批减免税要依法秉公办理，不得越权行事，更不得以权谋私。4、纳税人申请减免税的手续完备，所需的资料齐全。5、超过一年以上的减免税原则上实行一次审批制度；6、税务机关应加强对纳税人申报减免税政策的宣传和辅导，及时告知政策变化情况，明确时限，并做好相关服务工作。
