一、我国现行企业所得税的缺陷
1.内外资企业税负不公平
当前我国内资企业所得税税率为33％，外资企业所得税税率为30％，另3％的地方税附加由地方决定征免。从表面上看，二者名义税率基本一致，但实际上，由于内资企业所得税一项重要的政策取向是控制或限制减免税；而外资企业所得税的优惠政策较宽，既有特定新办企业的减免优惠以及再投资的退税优惠，又有产品出口企业和先进技术企业的减免优惠，而且有些地方为吸引外资，对3％的地方附加税给予免征。这样就使得内资企业的所得税负远远高于外资企业的所得税负，从而使内外资企业在课税待遇上处于不平等的地位，不符合平等竞争的原则。
2.税收优惠问题没有很好地体现国家的政策导向
现行的企业所得税制，区域性优惠导向有余，产业性优惠导向不甚明显。具体表现在：首先，内外资企业所得税并存导致东西部地区存在税负差异。改革开放后，我国先后确定了14个沿海开放城市和4个经济特区，为了鼓励这些地区经济的发展，从而带动其他地区经济的发展，国家给予这些地区特殊的税收优惠政策，致使外资企业大部分集中于沿海城市和经济特区；而广大的中西部地区由于自然条件和基础设施较差，没有税收优惠政策，吸引外资相对较少，这在客观上造成了东西部之间的税负差异，实际上西部地区企业的税收负担远远高于东部地区企业的税收负担，这不利于西部大开发战略的实施。其次，中国经济正处在转型的关键时期，面临着经济模式和经济增长方式转变的艰巨任务，产业结构和产品结构急待调整和优化。而当前的企业所得税不能为这些经济政策的实施提供有力保证，从而影响了经济的可持续发展。
3.不同的税收国民待遇，与世界经济一体化的要求相悖
世界经济一体化是不可逆转的趋势，内外资企业不同的国民待遇，国内企业税负重于外资企业，客观上造成了对国内企业税收方面的歧视。一方面削弱了其参与国际竞争的能力，另一方面将造成对国内市场占有率的下降，危及到民族工业的发展。因此，统一内外资企业所得税已成为当务之急。
二、企业所得税的发展趋势
1.企业所得税的重要性将日益加强
纵观各国总体税制的发展变化，大致经历了古老的直接税阶段、以对商品课税为主的间接税阶段和现代直接税阶段。每一个阶段的存在与更替与社会生产力的发展水平相联系。大体而言，目前发展中国家税制结构的明显特点是以间接税为主，这是由于发展中国家经济发展水平较低，企业盈利和人均收入水平也较低，不具备以现代直接税为主的经济基础，而间接税的征收管理相对简便，可以保证国家财政需要，也适应发展中国家现阶段的管理水平。发达国家一般以现代直接税为主，主要税种是个人所得税、社会保险税、公司所得税和财产税等。由于大工业的发展，分工与协作的扩大和经济关系的国际化，以商品课税为主的间接税与社会生产和消费的矛盾越来越尖锐。在国内，它干扰了市场的运行并造成分配不公；在国际，它表现为保护关税，阻碍生产要素在国际间的流动。因此，发达国家的税制过渡到现代直接税阶段，并逐步形成以个人所得税为主的直接税格局。
我国目前的税制特征是以流转税为主体，但是，这仅仅是对现状的描述，是多种因素共同作用的结果，它的背后存在着企业粗放经营、经济效益低下、亏损企业多、经济管理水平低等多种原因。随着我国经济发展水平的提高和九五期间建立现代企业制度，从粗放经营转向集约化经营，从外延扩大再生产转向内涵扩大再生产，整顿企业，提高经济效益等目标的实现，亏损企业会逐渐减少，企业利润会逐渐增多，相应地，企业所得税的地位将日益提高，其重要性将日益增强。一方面，由于企业所得税的征纳是处理国家、企业、个人三者关系的焦点，是资金集中分散的焦点，也是防止企业偷税、漏税的焦点；另一方面，整体税制从间接税为主向以现代直接税为主的过渡是必然趋势，在短期内不可能形成以个人所得税为主的情况下，企业所得税作用会日益突出。
2.规范经济要求公平竞争，合并两个企业所得税势在必行
公平税负是税收的基本原则和税制建设的目标，越是规范的经济对公平的要求越高。市场经济的法则是竞争、优胜劣汰，但这种竞争必需建立在公平基础之上，在同一的法律、同一的社会经济环境中竞争；否则，必然会产生各种矛盾，损害一部分人的利益，影响社会生产力的发展，甚至引发严重的社会、经济问题。现行的两个企业所得税事实上存在两个突出的不公平，一是内、外资企业税负不公平，外资企业实际税负偏轻；二是沿海地区和内地地区的不公平，相对发达的沿海地区税负反而轻于内地。此外，不公平的还有其他方面的表现，比如内资企业之间的不公平、外资企业之间的不公平、减免政策的不公平和征管水平低造成的守法户与违法户的不公平等。尽快将两个企业所得税合并是解决诸多不公平的关键。
三、中国企业所得税制改革取向
在跨世纪的进程中，中国社会主义开放型市场经济将进一步发展，建立现代企业制度与我国加入世界贸易组织已是历史的必然。为此，应依据现代企业制度化、国际化、法制化的原则，统一我国的企业所得税。新的企业所得税制的基本框架应该是：统一的纳税义务人，统一的税率，统一的税基，相对统一的税收优惠政策体系，中央与地方同源共享、分率计征的分税制度。
