一、恰当的组织结构
组织结构是执行管理任务的体制，也是内部控制的重要载体，在整个管理系统中起着“骨架”作用。建立恰当的组织结构，即科学合理地设置企业内部机构（或组织，下同）与岗位、确定机构与岗位职责以及各个机构、各个岗位间的相互关系，是对人流、物流、信息流实现有效内部控制的基本前提。换言之，只有具备了符合本企业实际的组织结构，才有可能使三者科学合理地流通，进而实现企业的目标。 恰当组织结构的确定，应当以本企业的产业及生产经营特点、企业的规模、企业所处的成长阶段、企业员工的素质、企业所处的文化背景及本企业文化状况、企业最高管理当局的管理哲学与经营战略、企业的外部环境及其不确定状况等因素为依据。应当在分析这些因素的基础上，合理设置组织体系；对各个机构和岗位，分别授予其完成任务所必需的权力、分清各自的职责，使每一项业务的各个环节都有相应的机构和员工负责。
在职责分解的同时应搞好整合，使整个企业的组织体系在相互制衡的前提下协调高效地运行。除了每个组织和董事会及其所属各专门委员会成员、监事会成员、经营者和其他员工（以下统称“员工”），应明确了解自己在整个组织体系中的地位和作用、自己的工作与他人工作的相关性，并认真履行自己的职责之外，首要的任务是根据既相互牵制、又相互促进的原则，使每一项业务的全部处理过程或过程中的重要环节，不是由一个机构或岗位单独完成，而是由两个或两个以上的机构或岗位在相互协调、相互促进、相互制约的基础上完成。要做到这一点，关键是制定并严格执行科学合理的业务流程和规章制度，明确各个机构，各个岗位之间的相互关系。科学的业务流程，要求每项业务都要经过既定的步骤，每个步骤都需要办理一定的手续。业务处理的这些步骤与手续，既是完成各项业务活动所必须的环节，又是确保这些业务活动达到预期目的的措施。科学的决策程序是科学的业务流程的核心内容。规章制度作为各项生产经营活动的行为规范，既是企业开展各项生产经营活动的依据和标准，又是实施内部控制的基础。因此，企业都应依据自身的业务特点、机构与岗位的设置等方面的情况，科学设计并严格遵守各项业务流程，以防止业务活动出现错弊、确保其高效完成；都应根据国家的法律、政策和本企业的特点，针对生产经营、人力资源管理、分配等各个领域方方面面的活动，制定相互衔接、具体可行的规章制度，使各个岗位上的员工都明确了解在各种情况下应该做什么与怎么做，不该做什么与不该怎么做。
在工业经济社会，直线职能制、事业部制、矩阵制等组织结构，以及由此承载的内部控制是行之有效的，分别适应了不同类型企业生存与发展的要求。到了知识经济时代，在众多的领域，这些组织结构已不能继续满足企业生存和发展的需要，企业的组织结构应向扁平化、网络化方向发展。尤其值得注意的是，在知识经济条件下，企业面临的管理风险、技术风险加大，经营者及其管理创新、技术人员及其技术创新，对一个企业能否持续健康发展的作用日益突出，货币资本所有者在企业生存、发展中的作用下降。面对这种状况，在组织结构的首要组成部分——法人治理结构中，以出资人出资的各类资本即货币资本为基础，以界定货币资本所有者与经营者的关系为中心，从而相应建立对二者的激励与约束机构的办法，虽然在工业经济社会是行之有效的，现在却难以适应客观需要。必须建立以货币资本和经营者、技术创新者的人力资本为基础，以界定这两种资本的关系为中心的法人治理结构，从而建立对经营者、技术创新者和货币资本所有者的激励与约束机制，并且突出对经营者、技术创新者的激励与约束。组织结构的这些变化，不仅直接地改变了它所承载的那部分内部控制，而且要求内部控制的其他方面也相应做出变化。
诚然，组织结构是在综合考虑企业内外部诸多因素的基础上确立的，也应当随着企业内外部条件的不断变化而及时做出必要的调整。
二、优良的信息管理
准确、及时并最大限度地充分获取和运用来自企业内外部与本企业有关的技术、市场、管理等诸方面的信息，是实现有效内部控制的前提，也是实施优良信息管理的结果。
要实现对有关信息的优良管理，就必须对这些信息及时予以识别、获取和加工，并采用便于有关组织及其员工在履行其职责时使用这些信息的形式，在企业内部进行纵向与横向的有效传递。要做到这一点，最高管理当局应向全体员工提出各自的信息管理职责必须得到认真履行的明确要求，每个组织和员工应当了解自己在信息管理系统中的地位和作用，每个组织和员工应当具有搜集、处理、传递有关信息的明确责任和条件，整个企业应当具备自上而下、自下而上与横向传递有关信息的有效途径和机制。只有这样，才能及时准确地为有关管理当局和员工建立、完善内部控制制度与企业文化，提供必要且尽可能充分的依据。
各亚管理层管理当局及其员工，在日常工作中都会接触到一些关于技术、市场、管理等方面的信息甚至关键性信息，他们最先认识到问题与机遇的存在。要使这些信息能够及时、准确地传递给有关管理当局，除了应当建立一个开放和畅通的信息传递渠道以外，有关管理当局还必须具有倾听这些信息的强烈愿望，使员工和各亚管理层管理当局相信，最高管理当局和其他有关管理当局愿意了解他们所反映的情况并能够有效地利用这些信息，进而愿意将有关信息及时向有关方面反映，包括将重大信息向最高管理当局反映。这样做，有利于有关管理当局甚至员工个人，根据得到的信息及时做出正确的决策，包括找出内部控制的潜在或显现的薄弱环节，并及时采取相应的预防或纠正措施。
信息搜集、处理、传递的方式方法和范围，应根据企业内外部环境变化的情况，及时做出相应的调整，以确保信息的及时、准确和有效。
三、有效的激励与约束方法
要使企业的内部组织、岗位乃至整体的行为及其结果始终保持与企业的目标相一致，就必须采用一系列有效的激励与约束方法。不同的企业，或者同一个企业在不同的内外部环境下，所采取的激励与约束方法也应有所不同。常用的方法应当包括：
（一）科学的业绩评价。针对不同的组织和岗位分别制定科学合理的评价标准，采用科学的考量和评价方法，在排除当事人不可控因素影响的条件下，对工作业绩区分出优良（尤其是善于创新）、合格和不佳，并分别给予经济性与非经济性奖励和处罚；以此促进广大员工的工作动机与行为得到优化。
