无论是从短期影响，还是从长期趋势看，加入WTO对我国农业都有有利的方面，主要表现在以下几点：
1.加入WTO后，我国可以享受40多年来关贸总协定各缔约国在开放贸易、尤其是降低关税方面所取得的进展成果，〖HT〗并可取得大多数成员方无条件贸易最惠国待遇，尤其是对发展中国家的优惠待遇，为我国农业国际化创造了非常有利的环境，有利于我国有效利用国际农业资源与市场。
2.有利于我国参照国际规范深化农村经济体制改革，建立符合市场经济规则的农业宏观调控体系。对实现农业两个转变，提高农业的比较优势和国际竞争能力，以及增强农业的综合生产能力，具有积极的促进作用。
3.可灵活运用WTO有关条款及争端解决机制，保护国内农业生产和农产品市场，使之免受国外农产品大量进口的冲击。而且，加入WTO后，我国也可以成员方身份，全面参加国际农业多边贸易谈判，维护国际农产品贸易秩序和广大发展中国家的利益，遏制少数发达国家的单边贸易行动和农业贸易保护主义。如在乌拉圭回合谈判中，日本、韩国在各方面压力下，终于有限度地开放了其大米市场，我国大米本来在日、韩市场上是有竞争力的，但美国等大米出口国则向WTO提出，日、韩开放大米市场是乌拉圭回合谈判的成果，只有WTO成员方才能有权享受。因我国目前不是WTO的成员方，所以我国不能向日、韩市场出口大米。加入WTO后，上述问题将不复存在，相反，我国可动用WTO有关条款及争端解决机制来保护本国利益。
4.有利于减少其他国家对我国农产品出口的非关税限制措施等不公平待遇，促进我国农产品进入国际市场。〖HT〗乌拉圭回合后，无论是发达国家，还是发展中国家，都取消了非关税措施，均以关税及关税配额的形式来管理农产品贸易，这样就大大改善了农产品出口环境。目前，我国出口到欧洲的土豆，遭到欧盟歧视性的数量限制，这本不符合WTO农业框架的规定，但由于我国不是WTO的成员，因此，欧盟对我国采取的这一歧视性措施，不能被WTO纪律约束。加入WTO后，这一问题将不复存在。
5.扩大我国农产品的国际市场份额。乌拉圭回合后，由于发达国家削减农业保护水平和增加市场准入量，因此，有利于我国抓住机会扩大农产品出口。
加入世贸组织对我国农业的不利影响
农业是传统产业，一般来说，由于发展中国家二、三产业不发达，多数人口集中在农业领域。农业不仅是这些国家发展的根据地，也成为社会稳定的保护地。现在的问题是，相当多的发达国家不仅二、三产业发达，农业也很发达，拥有大量的过剩生产能力，极力要把自己的农产品推向世界，特别是推向发展中国家。农产品与工业品有一个很大的区别，就是工业品在进入一个国家时，它总能带进去一部分技术，而农产品往往就是产品，它所包含的技术和知识很难被进口国所利用。因此，所有发展中国家在进行"入世"谈判时，都是把农业作为重要产业加以保护。在比较早的乌拉圭谈判，就把农业问题作为一个特殊问题来对待，给发展中国家一些优惠政策。我国是一个发展中国家，人口的70%在农村，有50%的劳动力从事第一产业生产，因此，我国在一系列入世多边谈判中，尽了最大努力保持农业的稳定。
我国农业与国际发达农产品生产国相比，有两个很难改变的不利因素。第一，我们的自然生产条件，比欧美主要国家差得很多。我国主要农业区受季风气候影响，旱涝灾害频繁，需要进行大规模的农田基本建设，使农业生产成本大大提高。而欧美国家气候温暖，雨量丰沛，是农业生产的极好地区。第二，我国资源结构严重不合理，人多地少，生产规模小，是我国农业一个重要特征。美国一个农户一般要种几百公顷地，欧洲小一点也要几十公顷到100公顷左右，而我国农户生产规模，平均只有0.４公顷左右。我们知道，技术状况是可以改变的，但是，自然条件差和生产规模小的问题，不是短时间就能解决的。
自然条件差，降低了竞争力，这个问题比较容易理解。那么，生产规模小又是如何影响农业的国际竞争力呢？第一，农业生产规模小，使得劳动生产率很低，采用程度更高的机械化生产并不经济，因为由机械替代下来的劳动力，在没有稳定就业出路的情况下，仍要分享农业收入，使成本大大提高。在手工劳动为主的情况下，农民的劳动强度很大，农民必然会与其他生产领域的劳动辛苦程度作比较，结果不是粗放经营，减少粮食生产，就是设法提高价格。第二，与小规模生产相联系的低商品率也促使价格上涨。以粮食为例，发达国家家庭农场的产品商品率几乎为100%，但我国生产规模小，粮食生产的商品率只有30%左右。而农民生产口粮中使用的化肥等价值投入，也要在商品粮销售中收回，这样就使商品粮的成本提高。商品率越低，这种影响就越大。第三，小规模生产的交易成本高，流通费用占粮食销售价的比重很大。
农户生产规模小使农产品生产的绝对收入很少，假设农户以种植粮食为主，那么生产仅够维持非常低的生活水平。1998年，按高于市场价的国家收购价计算，全国平均每亩生产粮食及其副产物的纯收益只有134.47元，再加上用工作价135元，共有269.47元。若户均种100亩地，收入尚可观，但若户均只有7亩地，收入仅1886.29元，按户均4人计算，人均只有471.57元，属极贫困人口。农业生产规模如此细小，决定了农业在整个国民经济中弱质地位。
在这样一种资源结构下，如果过量进口粮食，可能会产生严重的后果。仅从国内经济看：第一，国外低价粮大量进入我国，会造成农民破产。我国特有的农民破产，不是指资不抵债而无法经营，而是指农业向自然经济倒退，粮食生产商品率明显下降。农民破产的直接后果是，大量农业劳动力向城市和非农产业涌入，扰乱正常的经济秩序。第二，农民收入会明显下降。粮食商品率每下降1个百分点，就意味着全国农民现金收入减少几十亿元，其中纯收入也会明显下降。更突出的是，如果农民以种粮为主，由于粮食的商品率只有30%，商品率每下降10%，种粮农民的现金收入就会减少30%，这无疑会迅速拉大城乡收入差距，加剧城乡矛盾。第三，对工业生产也会构成严重打击。现在，我国农民每年要购买大约2000亿元的农用生产资料，这是一个很大的市场，如果农业向自然经济倒退，那么农民势必大量减少农用生产资料的购置，加上农民收入下降所引起的消费品市场萎缩，工业生产会出现严重危机。如果在农村的工业品销售减少500亿元，那么由于相关产业的连锁反应，整个社会就会出现上千亿元工业产品的滞销。
因此说，加入WTO对于我国经济来说，是一种历史性转折，它虽会促使我国经济体制，尤其是外贸体制在较短时间内发生变化，促进我国农业的国际化进程，但是，在生产条件明显不利的情况下，农业国际化条件尚不具备的背景下，加入WTO会使我国农业部门不可避免地受到较大的挑战。在入世谈判中，农业问题成为我国加入WTO谈判的难点之一，这从某种意义上反映了，加入WTO对我国农业虽有有利的一面，但同时也有很大不利的影响。
具体而言，由于在加入WTO的谈判中，我国应根据WTO规则，在一定程度上让出一部分国内市场，减少贸易保护，因而对我国农业直接的不利影响主要表现在以下几个方面：
1.国内农产品市场面
临对外开放的压力。过去，由于我国粮食等部分农产品的价格，长期低于国际市场价格，因而没有进口关税，对农产品的进口限制，主要采取如进口许可证、配额等非关税措施，并通过国有进出口公司进行垄断经营。但根据WTO农业协议的规定，今后各成员方只能通过关税措施对农产品进口进行限制，不能再使用非关税措施。进口保护方式的转变，意味着我国将按国际规则逐步开放国内市场。因此，随着我国加入WTO，国内农产品市场对外开放已不可避免，国内农产品将面临世界市场的冲击和挑战。
2.对国内农产品生产将产生冲击，这主要表现在两个方面：
第一，在贸易保护相对减少的同时，我国农产品的低价优势也随着日益增高的农产品成本而逐渐消失，目前国内主要农产品价格（尤其是粮食价格）已接近或超过国际市场价格，国内农产品市场将面临国际市场低价农产品的冲击。
第二，政府对农业生产的调控空间和力度将受到影响。尽管目前我国所实施的农业政策大多符合农业协议的"绿箱政策"规定，不须作减让承诺，但今后我国在农产品价格保护制度、生产资料价格补贴等方面的支持将受到限制。
3.有可能增加我国进口粮油的外汇负担。由于我们的粮食品种结构还不能满足需求，每年还要进口我们缺的粮食品种，例如从美国进口硬粒小麦等。但是，过去我们还能出口一些粮食，实现进出口的平衡，现在我们的粮食出不去了，将成为净进口国，情况就会有新的变化。据粮农组织等国际机构预测，由于发达国家在乌拉圭回合农业谈判中削弱了农业补贴，过去被压低的世界农产品市场价格（尤其是粮食价格）将呈上涨趋势。这样，如果今后我国的农产品市场开放过度，使外国农产品大量涌入国内市场，也将增加我国进口粮油的外汇支出，加大外汇储备压力。
需要指出的是，并不是说加入WTO后，我国的农产品市场就会完全被外国农产品所挤占，对我国农业形成很大冲击。因为国家已经在入世谈判中做了最大努力，减少对农业的消极影响，但是，仅仅依靠这些是不够的，我们还要大力调整产业结构，充分发挥我们在畜牧、水果、水产等方面潜在的比较优势，最大程度抵消入世带来的冲击。
