但是，网上银行业务属于新生事物，商业银行在网上银行风险管理方面尚缺乏必要的经验，在运作过程中面临着多种风险：一是法律规范问题；二是交易的安全问题；三是资金的安全问题。因此，建立、改进和完善网上银行业务的内部控制管理体系、防范网上银行潜在风险是商业银行的一个重要课题。
2001年中国人民银行下发了《网上银行业务管理暂行办法》，对规范我国网上银行业务发展起到了指导作用。据此，国内各商业银行必须对网上银行业务采取一系列内控管理措施，以防范网上银行业务经营风险。根据内控管理有关全面性、谨慎性、有效性、独立性等原则，商业银行对网上银行业务的管理应贯穿其业务全过程和各个操作环节，覆盖所有使用网上银行的银行内、外部机构(单位)和个人。因此，网上银行的内部管理可分为三个层次：第一层次是银行内部使用网上银行的管理; 第二层次是银行对网上银行客户的管理; 第三层次是客户内部使用网上银行的管理。
一、银行内部使用网上银行的管理
银行内部使用网上银行的管理是指对银行内部操作网上银行系统、办理网上银行业务的机构和人员建立逐级管理和分级授权的制度。主要有以下方面：
(一)建立开办网上银行业务的准入机制
如同中央银行对商业银行开办网上银行业务必须进行审核一样，商业银行总行或管辖分行对下属开办网上银行业务的营业机构也需具有相应的报批和验收手续，进行业务、技术方面的可行性分析和安全评估。只有满足规定技术条件和具有良好风险防范措施的营业机构，才能取得受理客户使用网上银行申请、处理客户通过网上银行发起的各种交易的资格。开办网上银行业务的营业机构一般应具有运行良好的计算机网络和电子化基础设施，使用防火墙、电子认证等安全技术手段，订立严密的规章制度，配备合格的管理、技术和操作人员，遵守支付结算和资金汇划纪律，备有切实有效的应急措施。
(二)对管理网上银行客户的内部人员的管理
在网上银行管理体系中，网上银行客户信息和权限的维护、客户用于身份认证的数字证书的发放等一般由指定的银行内部操作人员进行操作。因此，对操作网上银行客户管理系统的内部人员也需建立横向制约和相互监督的管理机制。比如，客户信息管理人员与系统开发人员、后台业务人员不能相互兼任; 建立多级的柜员管理体系，总行实施对分行的监督，分行实施对网点的监督；对于增加、修改、冻结、解冻网上银行客户，以及重置密码等重要操作必须坚持换人授权制度；发放客户数字证书下载密码的人员必须与管理空白证书IC卡的人员实行分离；柜员的操作应由网上银行总中心进行监控并写入操作日志中，进行事后检查。
(三)对处理网上银行业务的内部人员的管理
虽然网上银行的各种交易由客户通过网络发起，但进入银行内部网和业务主机系统后，一般仍需由银行内部业务人员进行相关的后续处理，如打印网上银行的交易凭证，然后通过同城交换或电子联行等资金汇划渠道将付款人的指令发送收款人。对于网上银行业务，银行内部人员应做到及时、准确处理客户提交的交易，严禁对网上交易指令进行抹账或篡改；定期与客户核对交易信息，避免网上交易重复入账等问题。
二、银行对网上银行客户的管理
银行对网上银行客户的管理是指银行对哪些客户可以使用网上银行，客户可以使用哪些网上银行服务，以及客户操作网上银行的过程和结果进行管理。对客户的管理是网上银行管理最为重要的环节，主要包括以下方面：
(一)对申请使用网上银行的客户资格条件的审查
鉴于网上银行业务的风险性，商业银行应对申请使用网上银行的客户规定严格的申请和审批手续。申请网上银行的客户分为单位和个人两大类。单位客户又可分为一般客户和集团客户(如总公司或母公司)。一般客户只能查询、划转本单位账户的信息或资金。集团客户根据协议，有权通过网上银行，管理集团内部各单位的账户资金。由于账户管理和结算制度方面的要求不同，银行一般对单位的资格审查严于个人，对集团客户严于一般客户。
