此种分歧与危机，不仅表现在外部，即科学共同体与人文共同体之间难以交流，而且更深刻地表现在内部，即科学作为求知体系，其客观基础与主观的人文历史因素之间的张力已经表面化，而使科学的理性基础受到质疑。尽管近年来人类的技术力量呈空前的膨胀式发展，然而科学的自信，科学在学术中的尊严，却已空前低落。十八世纪诗人颇普所谓“上帝说要有牛顿，于是有了光。”的那种对科学的崇敬，十九世纪对科学文明进步的信念，以及本世纪中期以前对科学可靠基础的信心，皆已受到种种批判而发生动摇。
科学的概念更迭
虽然对基础主义的批判发韧于科学哲学家如卡尔·波帕，然而科学内部的理论概念发生重大更迭，则属先行。1905年爱因斯坦已完成狭义相对论。1915年他发表的数学理论已将相对论推广到引力加速运动。量子力学的基本完成时期约在1900至1927年之间。哥德尔定理发表于三十年代初期。诸如此类的理论所提出的新观念，已足以扰乱既有的科学秩序。
本来，就物理科学而言，新理论所更迭的只是古典的物理学概念，如：绝对时空、以太、引力即时效应、欧几里德空间普遍有效、光按直线投向空间、物体无最大限度速度，诸如此类。而且新理论并不能取代古典力学在一般领域里的应用。比如海森伯格测不准原理的方程为：
D c ·D r ³ ¾ p
其中 D c 为一电子位置测定误差，D r 为其动量测定误差，h为普朗克常数。电子位置测定越准确，则动量测定越不准确。由于直线动量为质量乘速度，故不可能同时测定电子的位置与速度。同理，亦不可能同时测定电子的能量与具有此能量的时间。然而由于普朗克常数的值极低，约为6.625×10 尔格/秒，故这个原理仅适用于原子以下的微观领域，对牛顿力学领域的计算并无实际意义。但是在哲学观念上，其意义则远不只此。传统上认为，逻辑的普遍性在于，逻辑的基本原理、公理、定理适用于一切可能世界。如果在一个领域里某基本原理已不适用，则逻辑的普遍性便已成为问题。海森伯格方程、薛定鄂方程、玻尔理论对同一律、排中律提出挑战。因而对整体与局部的关系这个概念，以及非此即彼的传统分类法，甚至对物质及其客观性，也提出质疑。而这一切又与相对论扬弃绝对时空有关。传统分类法以排中律为基础，事物非此即彼。但粒子的位置与速度不能这样简单分类。传统所谓整体包涵局部，指一实体在空间或时间上包涵之。相对论和海森伯格方程则认为，一实体处于另一实体的时空域之内，为包涵关系。玻尔认为，电子既是粒子又是波，在逻辑上矛盾，但在经验中是事实。海森伯格的测不准原理可以理解为，粒子仅有统计性的位置；但也可以理解为，仅当有人观察它的时候才有位置。相对论的质量依据在运动中的速度相对于观察者，也说明物质的形态依赖于观察者。对原子结构的认识，无论汤姆逊、卢瑟福、玻尔模型，皆是理论建构，而非原子本身。粒子是适合薛定鄂方程之物。物质的外延不清，客观性模糊。
更有兴味的是，纯数学理论也得出类似结果。非欧几里德几何的出现，使几个几何体系适用于同一人类空间经验。汉密尔敦的四元数理论证明a×b ¹ b×a。略文海姆-斯寇姆理论证明，一个公理的集合可以导出本质上不同的解释理论。哥德尔定理认为：一，在任何一个数论的形式体系中，皆有一个真公式，即不可确定性公式，其本身不可证明，其否定式亦不可证明；二，在数论的形式体系中，其一致性不可能在该体系中证明。如果推而广之，彷佛可以说，一个理论体系，求其一致则不完整，求其完整则不一致；一个理论体系的一致性只能在体系以外得到证明。也就是对矛盾律的普遍性提出质疑。亚里士多德的科学理想，便是在同一律、矛盾律、排中律和词项定义不变的基础上，根据自明的理性前提推导出知识体系。直到现代逻辑经验论亦认为，理性与直觉经验是知识的可靠保证，而理性便是逻辑性。如果逻辑性受到质疑，则作为求知可靠基础的理性便已发生动摇。
批判与反思
科学内部既已发生重大变革，对于此种变革的哲学反思，加上其他社会条件，也就顺势形成一股对于科学的可靠基础，乃至对理性，甚至对西方文化的所谓现代性，进行批判的思潮。远在四十年代，卡尔·波帕已提出证伪理论，以批判当时公认的方法论。他否定归纳法，认为归纳根本不存在。知识的获得只是通过错误假说的被否定。“从变形虫到爱因斯坦，知识的增长从来相同。”“动物的知识，前科学的知识，其增长以消灭持有错误假说者为代价；而科学的批判，则常以理论代人受难，在错误信念将吾人引向毁灭之前先行消灭它们。”（Karl Popper, Objective Knowledge, Oxford, 1972, p.261）既然归纳性的因果被否定，科学也就难有确定的基础。波帕把科学家比作给自己房间画地图的人。他必须把他正在画的地图也包括在这张地图之内。“他的任务不可能完成，因为他必须把他画地图的最后一笔也画在地图里面。”(The Open Universe, London,1982, p.109.) 这是对逻辑经验论那种充满自信的证明理论的讽刺性写照。然而归纳法作为一种方法策略，不仅是科学求知中历来行之有效的手段，而且也蕴涵于证伪方法之中。“一切天鹅皆为白色”这个判断，只要发现一只黑天鹅便可以证伪。然而若要确立这个全称判断，以及在黑色鸟类中确认一只黑天鹅，皆离不开归纳方法。后来，波帕的学生莱卡托斯试图用“研究纲领”来说明科学知识的内容增长，然而亦未能提出统一的知识标准。
六十年代初期，库恩提出“范式”理论。科学的发展据称是由于“科学范式”的更迭。科学共同体从同一模式中学习专业知识，根据同一模式从事科学研究，接受相同的实践规则的制约。建构理论和设计证明，不再是依据逻辑经验论所谓的统一方法，而是科学共同体在一定历史社会条件下共同遵循的“范式”。科学范式中有若干社会心理因素，不在理性方法控制之内，故科学知识的增长没有确切的理性基础。不同时代的范式之间不可通约，彷佛科学发展没有连续性。然而历史事实并非如此。比如牛顿体系的“质量”不变，相对论的“质量”根据运动的速度而变化，二者并不同义。然而两个术语指称的却是同一物理现象，只是相对论的“质量”从属于一个更为确切的解释理论，其说明域超过牛顿力学的低速领域。又如，吉尔伯特、弗兰克林、麦克斯韦理论中的“电”概念十分不同，但三个术语的外延指向同一物理现象。于此可知，不同时代的理论之间并非没有共同的理性基础。
蒯因的“翻译不确定论”既欲说明不同文化语言之间的翻译不可能，又欲说明不同理论之间的不可通译。蒯因最终诉诸外在的行为主义标准，彷佛在语言逻辑的用法中没有共同的理性基础。然而对外在行为的观察、判断、陈述、验证皆必须通过本己的语言。可见不同语言之间仍有共同的理性基础。蒯因则认为理论之间没有相通的理性基础，知识的来源只是感觉。“不存在外在的基点和第一哲学。”（W.V.Quine, Ontological Relativity, New York, 1969, p.127.）“自然科学说世界是什么，就是什么。只要自然科学是正确的，而我们判断其是否正确大体取决于预测的经验检验，便是如此。”(“Structure and Nature”, Journal of Philosophy[89],1992, p.9) “不论自然科学的可错性如何，自然科学的一个发现是：吾人关于世界的知识只是感觉接受器所受的影响。”( The Pursuit of Truth, Cambridge, 1990, p.19) 在早期的《经验论的两大教条》中，蒯因认为，吾人所谓的知识，乃是一个人为构造物。科学理论的中心是形上学陈述和数学逻辑陈述，其外一层为物理学陈述，更外层为经验陈述，最外层与经验相接。其中任何陈述皆不与具体经验一一对应。原则上可对任何部分的陈述作出足够的调整以适应相反的经验。彷佛知识的结构与实在的结构之间没有确切的关系。然而事实上，新的理论成功地代替旧理论，正是新理论的结构更确切地说明实在结构的缘故。牛顿三定律可以导出150多个命题，解释大量地球和天体现象。凡是可用相对论代替这些解释的地方，皆是新理论更确切解释实在的地方。
费耶阿本则反对一切方法。他认为不可能有预设的合理性标准。科学真理只是一种修词，并无客观内容。但他又承认科学的成功。不过，这种成功只是由于科学家长期不懈地研究某一问题的结果。他们的过分之举，总会被其他学派的过分之举所抵消。费耶阿本称，他可以否定科学真理，而把这个判断当作真理提出来，犹如他可以用德语来宣称德语不如拉丁语。他忘了，真值不是一种语言，而是使各种语言得以通译的理性标准。正因为客观上存在这种标准，他才能够把“反对方法”当作一组真陈述提出来。他却主张科学不需要任何理性标准，All goes!所以库恩称之为vaguely obscene。
晚近的方法论研究，多探寻如何重建理性标准。厦皮尔、劳丹等人便是如此。劳丹批评库恩、费耶阿本对历史连续性的忽略。他提出“研究传统”，其中既包涵科学理论，又涵容本体论体系。然而他忽略统一的逻辑和对应规则，故在科学术语的陈述与本体论陈述构成真问题的作用中，未能提供统一标准。比如数学证明和历史解释之间如何对比，便成为问题。近年语义派的科学哲学家如萨普斯、斯尼德、范弗拉森、史泰格缪勒等以集合论方式进行公理化，似尚未取得公认结果。
总之，由坎贝尔、赖欣巴赫、卡纳普等人代表的逻辑经验论“标准方法论”，在六十年代已受到彻底的批判。批判的重点大
